火影忍者手游中最好用的暗器当属佩恩六道的专属铁棒，它不仅攻击速度快，还能阻碍对手查克拉流动，实战中能让敌人陷入被动。这种暗器在剧情中曾让鸣人无法聚集查克拉，游戏里完美还原了这个特性，命中后能打断对手技能并降低其能量回复速度。铁棒作为远程投掷武器，出手轨迹隐蔽，适合在连招中衔接使用。
千本在游戏里属于基础暗器但实用性很强，白和蝎都曾用它创造过战术优势。游戏里千本的优势在于冷却时间短，可连续发射形成压制，配合走位能有效控制战场距离。它的飞行速度比苦无更快，虽然单发伤害一般，但命中头部会造成暴击，熟练后可以用来点杀残血目标。建议在训练场多练习千本的抛物线轨迹。
手里剑作为最经典的暗器，在游戏里拥有最丰富的衍生玩法。普通手里剑可蓄力增加射程和伤害，而进阶版的风魔手里剑还能触发特殊效果。游戏里手里剑最大的优势是兼容性强，几乎所有忍者都能用它起手或衔接连招。手里剑大师玩法需要掌握反弹墙壁的技巧，这在狭小地图能发挥奇效。
麻醉针是医疗系忍者的特色暗器，静音和纲手都能发挥它的最大价值。这个暗器在命中后会造成短暂僵直，虽然伤害较低但能为后续攻击创造机会。游戏里麻醉针最实用的地方在于破霸体效果，面对突进型忍者时提前预判发射往往能化解危机。建议把它设置在顺手的技能栏位，关键时刻能救命。
最后要提的是二代火影的水遁·天泣，这个从口中喷射水针的秘传暗器在游戏里属于高阶技巧。它的攻击范围呈扇形覆盖，适合应对近身围攻，但需要精准把握释放时机。由于前摇动作明显，建议搭配分身术等诱敌技能使用。这个暗器的隐藏特性是能穿透部分防御型忍术，在特定对局中有奇效。
